L'habitat de votre souris est le lieu où elle passera la majeure partie de sa vie, il est donc très important d’opter pour un habitat adapté, sécurisé et spacieux, selon le nombre de souris. Il faudra également l’aménager correctement de façon à ce qu’elle puisse se divertir avec différents accessoires tout en ayant de la place pour grimper, creuser, courir, se cacher et explorer.
Une cage de quarantaine vous sera surement utile aussi, elle n'aura pas besoin d'être très grande, mais assez facile à nettoyer dans le cas de maladies.

La cage:
La souris a beau être un tout petit animal, ce n'est pas pour autant qu'elle n'a pas besoin d'espace! En effet elle adore courir, grimper, creuser.. et cela demande un minimum de place. Les mâles vivant seuls ont besoin d'autant plus de places pour pouvoir aménager correctement son espace. 
Les mâles ont besoin d'un minimum de 2000cm² au sol (longueurxlargeur de la cage), pour donner une idée, une cage de 50x40cm est très bien pour un mâle seul.
Les femelles vivent par deux minimum et ont une base de 2000cm² au sol aussi pour 2 souris, plus 900cm² par souris supplémentaire. Exemple, si vous voulez 4 souris femelles, il vous faudra une cage d'environ 3800cm² soit 80x50cm. Certaines cages sont facilement aménageables avec des étages, qui augmentent légèrement la superficie s'ils sont pleins, mais attention, pas trop de hauteur non plus, sinon gare aux chutes (pas de cage de plus de 60cm de haut)!
Dans l’idéal, la cage devrait être placée quelque part où il n’y a pas de courants d’air, pas de rayons du soleil directs, à la lumière naturelle mais pas trop vive, où il n’y a pas trop de bruit ( TV, ordinateur..) dans la journée mais du passage. Le tout dans une pièce où il fait environ 20 °C été comme hiver (sans trop de variations).

Les différents types de cages:
Cage à barreaux : Aménagement assez facile, mais laisse beaucoup passer l'air, et attention à l'espacement des barreaux!
Aquarium : facile à nettoyer, possibilité de mettre beaucoup de litière, fugue difficile, pas de courants d'air, mais peu d'aménagement possible, lourd et fait facilement trop chaud l'été.
Terrarium : mêmes avantages et inconvénients que l'aquarium, mais plus facile d'accès dû à ses portes à l'avant.
Cage en plexiglas : nettoyage facile, peu de fuite, bonne couche de litière, légère, peu de courants d'air, mais aménagement compliqué et fragile.
Bin cage : facile à nettoyer, pas de fugues si bien réalisée, possibilité de beaucoup de litière, assez facile à aménager, pas de courant d'air, mais pas toujours jolie, et faire attention à ce que ce soit suffisamment aéré.
 

La litière :
Il ne faut pas prendre ce choix à la légère, une mauvaise litière pourrait causer des dégâts irréversibles à votre animal, sachez le! Bien entendu, toute litière aromatisée est à éviter, en plus d’irriter les voies respiratoires et de perturber l’odorat de votre souris, elle l’incite à marquer davantage.
Vous pouvez également choisir de faire un mélange de deux litières adaptées, telles que le chanvre ou le lin avec le maïs, etc.
Les litières adaptées: Le lin, le chanvre (ou chambiose, ambiose), litière de papier recylclé, litière de cellulose. En tant que complémentaire on peut aussi utilisé du rafle de maïs, et du foin qui servira pour le nid.
Les litières inadaptées : Les copeaux de bois, les granulés/pellets, la litière minérale, la paille, la terre à bain, le papier journal, le coton, les lamelles de feuilles.

Le nid :
Il faut le savoir, le nid est l'un des éléments les plus importants pour eux, mettez leur du foin et des mouchoirs blancs en morceaux dans leur cage, ils s'amuseront à construire encore et encore. Le kapok est très apprécié lui aussi, naturel et non dangereux, comparativement au coton qui lui est interdit car les fibres peuvent faire un garrot aux pattes.

Les accessoires :
Les gamelles : Une pour la nourriture, une pour l'eau. Si vous avez plus de 4 souris, il faut privilégié le fait d'avoir deux gamelles pour la nourriture.
Un abreuvoir ou un biberon : je ne recommande pas le biberon sauf si vous savez le placer correctement. Un abreuvoir quand à lui est utile pour éviter les saletés dans l'eau.
Une roue : En bois ou en plastique, droite ou plate, de minimum 20 cm pour les roues droites, plus petit cela déforme la colonne vertébrale. Attention : Ce doit être une roue pleine (pas de barreaux/grillage) avec un côté fermé. Les disques quand à eux sont pratiques lors de cages ne disposant pas assez de hauteur pour apporteur une roue droite suffisamment grande. 
Des tuyaux : Les souris adorent s'y cacher et s'amuser. De simples rouleaux de papier toilette vides les amusera car ils pourront aussi les ronger. Attention avec ceux en plastique qu'ils ne soient pas trop longs, risques de rester coincer et de ne pas y avoir assez d'aération.
Des maisons/cachettes : Il n'y en aura jamais assez, il en faut un peu partout dans la cage. Pour les grands groupes, pensez à avoir une maison suffisamment grande pour accueillir tout le monde. L'entrée des maisons doit faire 4 cm de diamètre minimum. On conseille une cachette minimum par souris pour les groupes de femelles.
Des ponts et échelles : pratiques pour se déplacer entre les étages ou simplement faire une plateforme ou une cachette.
Des cordes : elles sont bien utiles pour aller aux endroit moins accessibles. Elles permettent également à vôtre souris de prendre de la hauteur et de travailler son équilibre. Attention toute fois à ne pas les mettre trop hautes car une chute peut être fatale !
Pot en argile/céramique/terre cuite : pratique l'été car elles gardent la fraîcheur, sentent vite mauvais par contre.
Des hamacs : Ils sont très appréciés par les souris, qui aiment s’y blottir. Il en existe de toutes sortes qu’on peut acheter ou faire soi-même. Attention à l’emplacement qui ne doit pas être trop haut en cas de chutes. Ils permettent aussi, si placés entre les étages, d'amortir en cas de chutes, pratique en cas de cage haute. Attention aussi aux matériaux utilisés! Le polaire est parfait même si rongé, si l'animal ne grignote pas les hamacs le coton est aussi utilisé.
Des pierres : ce n’est pas un accessoire à proprement parler mais elle peuvent agrémenter les cages pour user les griffes ou simplement comme élément de décoration. Vous pouvez utiliser des galets ou d’autres pierres préalablement ébouillantées. Si ce sont de très grosses pierres posez les à même le fond de la cage sinon celles- ci risqueront d’écraser vos souris. Bien sûr évitez aussi les toutes petites/pointues/coupantes etc.
Des cartons : Des boites en carton de récup peuvent servir de maison ou de jeux passagers. Comme tout ce qui est en carton cela doit être changé régulièrement et ne pas avoir d’imprimé, car tout comme les journaux, leur encre et toxique en cas de contact avec l’urine ou d’ingestion.
Des bâtons de bois : Tout ce qui est en bois servira à l’usure des dents de votre souris. Vous pouvez ajouter des branches, petit bout de bois et coque de noix si vous le souhaitez. Attention pas n'importe quel bois, surtout pas de résineux et privilégier les bois de hêtre ou de fruitiers tel que le noisetier ou le pommier (une liste des bois autorisés peut facilement être trouvée sur internet).

Ne jamais utiliser de boules de promenades ou de pierres minérales à ronger, c'est très néfaste à la santé de vos souris.